El Instituto de Investigaciones en Ingeniería, o INII, como se le conoce en la Universidad, es una de las nueves unidades que conforman la Facultad de Ingeniería. Sus actividades están relacionadas, principalmente, con la Vicerrectoría de Investigación.

El INII nace como una iniciativa del Consejo Asesor de la Facultad de Ingeniería, al determinar la necesidad de que el país contara con una unidad de investigación capaz de abocarse a la formulación y resolución de los problemas técnicos de gran complejidad y de una manera sistemática e integral, en las áreas de la Ingeniería, la Arquitectura, la Informática y la Computación.

Fue así como en 1979, la Facultad presentó al Consejo Universitario un Proyecto de Reglamento para la Creación del INII que quedó definitivamente aprobado en el artículo 30, de la sesión 2624 del 24 de setiembre de ese mismo año.

En su nivel operativo y administrativo, cuenta con una dirección, una subdirección y un Consejo Asesor; además, desde el año 2004, cuenta con un Consejo Científico. Ambos Consejos dictan los lineamientos científicos y administrativos para su desempeño; asimismo, han estado conformados a lo largo de los años, por académicos y académicas de la Facultad, quienes, en su oportunidad, han dirigido sus conocimientos y sus criterios en beneficio del INII. 

Las temáticas en las cuales actúa el INII son grandes y variadas; por ejemplo, se ha trabajado en programas de ingeniería ambiental, energía, vivienda, electrónica, ingeniería sismorresistente, agroindustria, productos forestales, fotónica y rayo láser, metrología, mecatrónica, geomática, normalización y calidad. De igual forma, se incursiona en áreas como la ingeniería marítima y fluvial.

Su unidad más antigua es el Laboratorio de Productos Forestales (LPF), el cual se establece desde el año 1967. Este se instauró como el primer laboratorio de maderas del país y surgió de la necesidad de contar con un Laboratorio que estudiara el recurso forestal en forma integral. Su infraestructura, ubicada en el primer piso de la Facultad de Ingeniería, fue la sede de las primeras reuniones efectuadas para la creación del INII y sirvió además para albergar las oficinas administrativas del Instituto y del Centro de Ayudas Audiovisuales, mientras ambas unidades obtenían su propio espacio físico. Actualmente, este laboratorio es conocido con el nombre de Unidad de Recursos Forestales (ReForesta).

Asimismo, el Laboratorio de Ingeniería Sísmica (LIS), creado en 1989, forma parte del Instituto, este es el único laboratorio en Costa Rica y América Central dedicado en forma exclusiva a realizar estudios de Ingeniería Sísmica, para determinar los efectos que producen los sismos fuertes en las estructuras y en los suelos.

Entre los objetivos del LIS se encuentran el registrar la constante actividad sísmica del país mediante el uso de acelerógrafos, instrumentos especialmente diseñados para la medición de sismos fuertes. Además, se pretenden desarrollar investigaciones en el área de la Ingeniería Sísmica que contribuyan con la disminución de los efectos destructivos que traen consigo los sismos fuertes, esto a través de proyectos usualmente multidisciplinarios, que involucran áreas como: Ingeniería Civil y Estructural, Geología, Geotecnia, Sismología, Planificación Urbana, Prevención de Desastres y Defensa Civil y difundir el conocimiento actualizado en el campo dentro de la ingeniería sísmica y a personas cuya labor profesional se relaciona con ella.

Otro laboratorio que se adscribe al INII es el Laboratorio de Metrología, Normalización y Calidad (LABCAL), fundado en 1993. El LABCAL se concibió como un laboratorio institucional para apoyar el quehacer de los laboratorios de la Universidad, en aspectos tales como el control metrológico de equipos de medición, capacitación en acreditación de laboratorios e implantación de sistemas de gestión documental, de la calidad y ambiental. Además, pretende ser un laboratorio de servicio para fortalecer el desarrollo de la metrología, la normalización y la calidad en Costa Rica, en cooperación con otras entidades, brindando capacitación y servicios confiables a instituciones y a empresas públicas y privadas; atendiendo también demandas de metrología industrial y legal.

De igual forma, la Unidad de Ingeniería Marítima, Ríos y Estuarios (IMARES) forma parte del Instituto, este nace en el 2004 como el Laboratorio de Ingeniería Marítima y Fluvial, ante una gran demanda y necesidad de investigación, docencia y acción social en las áreas de la ingeniería de costas y de ríos. Sus principales líneas de trabajo se centran en la determinación de condiciones de oleaje y caudales extraordinarios, zonas de inundación, peligro de erosión y transporte de sedimentos; además de la propagación numérica del oleaje y de ondas de marea y el diseño de obras de protección y abrigo, tanto fluviales como costeras.

El Instituto cuenta, además, con el Centro de Diseño y Ayudas Audiovisuales (CEDAA), unidad que nació en el año de 1978, cuando la Escuela de Ingeniería Mecánica conformó una Unidad de Tecnología Educativa. Posteriormente, su administración quedó a cargo del INII y estos servicios se fueron expandiendo a todas las escuelas de la facultad, pero, principalmente, a los laboratorios adscritos al Instituto.

El objetivo del CEDAA es coadyuvar con la investigación, la divulgación, la docencia y la acción social, brindando servicios de préstamo de equipo audiovisual, de diseño de material gráfico y audiovisual para ser utilizado en ferias, seminarios, cursos de educación continua con cualquiera otra actividad de divulgación y transmisión de los conocimientos y de las investigaciones que se generan en el INII.

De igual forma, el INII cuenta con el Centro de Documentación e Información (CEDI). Éste se creó en 1978 como una dependencia del Decanato de la Facultad de Ingeniería y en 1981 pasó a formar parte del Instituto de Investigaciones en Ingeniería.

El CEDI facilita el acceso a la información y al conocimiento específico en las diferentes áreas de las ingeniería, la arquitectura, la informática y la computación, esto con el propósito de contribuir con el desarrollo de los diferentes planes de estudio e investigación de la Facultad de Ingeniería y en general, de la comunidad universitaria y nacional.